В настоящее время технологическое развитие в области микроскопии предоставляет возможность получения медицинских изображений с высоким разрешением. Поэтому для обработки этих изображений требуются более совершенные методы обработки и анализа изображений. Для проведения научных исследований имеется широкий спектр программ. Однако ключом является поиск приложения с открытым исходным кодом, которое обеспечивает более точные количественные измерения. В научных исследованиях программное обеспечение с открытым исходным кодом оказывается ценным благодаря простоте его модификации и возможностей перераспределения. Процесс разработки программного обеспечения продолжает привлекать внимание исследователей во всех областях, особенно в области информатики, в целях реализации новых алгоритмов обработки изображений. В работе представлено новое прикладное программное обеспечение для биомедицинских исследований, в котором методы обработки изображений использовались для отделения частиц от фона изображений микроскопа. Кроме того, программное обеспечение дает исследователю возможность выбирать и измерять размер элементов наночастиц в изображении. И наконец, предлагаемое программное обеспечение может стать перспективным инструментом лабораторных исследований по сравнению с другим используемым программным обеспечением.