В статье представлены основные положения методического подхода к решению задачи оценивания функциональности доверенных программно-аппаратных комплексов по показателям, характеризующим выполнение ими функциональных задач. Основной целью исследования является создание системы мониторинга показателей функциональности объектов критического применения. Предлагаемый подход может применяться для оценивания состояния функциональности в условиях как точно заданных, так и нечетко определенных параметров информационной безопасности, работоспособностии надежности доверенных программно-аппаратных комплексов.